Pada hari Jumat dan Sabtu tepatnya tanggal 19 dan 20 Februari 2021 wilayah Jabodetabek diguyur hujan lebat dengan intensitas tinggi,tidak terkecuali di wilayah Pelayanan GPIB Jatipon, akibatnya di beberapa sektor yaitu di sektor 11,13, dan 14 terjadi banjir parah yang memakan waktu lama untuk bisa surut,tidak terkecuali GPIB Jatipon sendiri, Gereja Jatipon sempat mengalami banjir namun cepat surut hanya Auditorium yang mengalami genangan, dan bisa diatasi berkat pompa pembuangan yang sudah disiapkan. Sektor 14 yang berlokasi di Komplek Dosen IKIP adalah sektor pelayanan gereja Jatipon yang paling parah terkena dampak banjir,jalanan di depan kompleks tersebut pun tidak luput terkena banjor sehingga akses ke dan dari Pondok Gede tidak bisa dilewati kecuali melalui jalan Alternatif, tim Crisis Center Jatipon ( CC Jatipon ) serta KMJ GPIb Jatipon  Bp. Pendeta Samuel Karinda bergerak cepat langsung turun ke lapangan untuk membantu jemaat dengan mendistribusikan makanan yang dibuat di dapur darurat GPIB Jatipon. Keseluruhan situasi pada waktu tersebut Jemaat yang terkena dampak Banjir merasa terbantu dengan bantuan dari GPIB